高通量测序技术是可以平行对数百万甚至数十亿条序列测序的技术。在基因组测序、转录组测序、宏基因组测序、表观遗传测序、外显子捕获测序、靶区域测序等诸多科研及精准医疗检测领域内有广泛的运用。
生工生物工程（上海）股份有限公司自2011年成立高通量测序部以来，逐步引进了Illumina，Life，PacBio等二代/三代测序平台。建立了2000 m2高标准实验室（通过了国家ISO认证）以及10PB级运算能力的服务器集群，能满足绝大多数科研客户的研究需要。同时，生工高通量测序团队建设也在不断完善中，目前有50余专职员工，其中高级技术人员以及高级生物信息工程师占比50%以上，5年来，通过生工高通量测序结果发表的文章累计影响因子超过1000分以上。
Illumina HiSeq2500/4000 可以运行PE150/PE250模式，可以承担转录组测序、人基因组重测序、外显子捕获测序、宏基因组测序、微生物分类测序等服务；
Illumina MiSeq 运行PE300模式，可以承担细菌基因组重测序/De novo测序、微生物分类测序、扩增子测序、核酸适配体测序等服务；
Life Ion torrentPGM 运行314、316、318芯片，可以承接扩增子测序、靶区域测序、基因组重测序服务；
PacBio Sequel/RSII 该测序平台读长超长，平均可达10 kb以上，主要承接细菌基因组完成图测序、真菌基因组精细图测序、全长转录本测序等服务；
